Al comienzo de la película, el adolescente de Chicago Sandy (Elijah Wood) fue enviado a pasar el verano con su tío Porter (Paul Hogan, de «Crocodile Dundee») en uno de los Cayos de Florida. Porter es un espíritu libre que dirige un barco de pesca; coquetea con Kathy, una comerciante local (Chelsea Field), y lanza Spaghetti-Bones con un soplete cada vez que tiene hambre.
Parecería una gran configuración para un niño de la ciudad, especialmente porque Kim (Jessica Wesson), una chica bonita de su edad, pasa el rato en la playa. Pero Sandy está amargada por el divorcio de sus padres y enojada porque se perderá un concierto de Red Hot Chili Peppers. (Cualquier niño que prefiera asistir a un concierto de Chili Peppers que pasar el verano navegando con Crocodile Dundee y conocer chicas debe estar encerrado en una sala de privación sensorial hasta que se le aclare la mente). Finalmente, Sandy conoce a Flipper y solo se vuelve medio melancólico.
La primera vez que vemos delfines en la película, se divierten despreocupados en las olas. Entonces el malvado capitán del barco chárter Dirk Moran (Jonathan Banks) comienza a dispararles por comerse el anzuelo de sus traviesos clientes ricos. Sandy se hace amigo de Flipper, quien lo sigue hasta la orilla, se pasea por el muelle, gorjea, hace clic, juega con él y se convierte en su amigo.
Mientras tanto, algo afecta la pesca y Kathy, una ex bióloga marina, descubre que las aguas del océano están contaminadas. ¿Como puede ser? Una noche, Sandy y Kim ven al malvado Dirk arrojando contenedores de desechos peligrosos al mar (sabemos que contienen desechos peligrosos porque cada barril de 55 galones está etiquetado como «Desecho peligroso»). Sandy y el tío Porter le dan esta noticia al Sheriff Buck ( Isaac Hayes, sí, Isaac Hayes), que necesita pruebas. Así que Marvin (Jason Fuchs), el pequeño nerd de ojos de búho de Kathy, construye la «Flip-O-Cam», una cámara de video submarina que Flipper usa para explorar el fondo marino, mientras un malvado tiburón martillo acecha. Aproximadamente en este punto, mientras Flipper sostiene la cámara en la boca, fotografía los tambores de 55 galones y luego señala su descubrimiento golpeando una pelota de tenis con la nariz, comencé a preguntarme por qué los productores no tuvieron que revisar el guión también.
La película termina con una toma de efectos especiales particularmente poco convincente de Flipper escoltando un barco hacia el horizonte. El delfín parece animado y artificial, saltando como un reloj entre las olas. En ese momento, estaba resignado a la posibilidad de que los cineastas realmente no tuvieran el corazón en su trabajo. ¿Qué le puede decir a la gente que nos da un tiburón martillo, arroja a Dirk al agua y luego no deja que el tiburón se lo coma? ¿No tienen sentido del cine?
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